بطور کلی تفاوت این دو یک مفهوم شخصی و ذهنی است اما میتوان گفت که یک وب سایت با محتوا تعریف میشود در حالی که یک نرم افزار تحت وب ( Web Application ) با تعامل کاربر تعریف میشود. به طور معمول، یک وب سایت شامل مخزنی از محتوای ایستا است که با تمام بازدید کنندگان سر و کار دارد؛ اما یک نرم افزار تحت وب، به تعامل، ورودی برنامه ریزی شده کاربر و پردازش داده ها بستگی دارد.
برای مثال، یک سایت خبری میتواند یک وب سایت باشد، اما یک صفحه گسترده یا یک تقویم مشارکتی، میتواند یک نرم افزار تحت وب ( Web Application ) باشد. سایت خبری اطلاعات یکسانی را به تمام بازدیدکنندگان نمایش میدهد در حالیکه یک تقویم شخصی، اطلاعات فردی پردازش شده را نشان میدهد.
درعمل، بیشتر وب سایتها با تکیه بر سیستم مدیریت پیچیده و برنامهریزی شده خود ( یا پایگاه داده ) به سرعت در حال تغییر محتوا هستند؛ اما در اصل، آنها فقط با خروجی اشان تعریف میشوند. از سوی دیگر، نرم افزارهای تحت وب، برنامه هایی هستند که از راه دور اجرا میشوند و اساساً به فرآیند پردازش و نگه داری دادههای پسین متکی هستند.